As autoridades se preocupam com as habitações coletivas, suas condições de higiene, com medo da iminência da «invasão pestosa» e o código de posturas do município (1886).

 As condições mínimas: área mínima (três cômodos), área de frente, área calçada de serviço, pé-direito mínimo, portas e janelas mínimas, paredes e exigências sanitárias (um poço, ou torneira

com água, e pequeno tanque de lavagem a cada seis habitações, uma latrina para cada duas habitações...   Além disso, os cortiços deveriam ter mais de 15 m de largura, se situados dentro de terrenos junto das casas de habitação; entre cada linha de cortiços deveria haver uma distância de pelo menos 5 m e a área mínima de cada unidade era de 5 m2 .

A legislação não impedia a proliferação de cortiços, ao mesmo tempo que surtos epidêmicos explodem (em 1893 inclusive) e três de seus focos estavam nos bairros em que predominam tais precárias moradias coletivas.                                                                                                                Os freqüentes relatórios permitem identificar cinco tipos de cortiços, dos quais o mais comum é o cortiço-pátio já descrito, o cortiço-casinha, o hotel-cortiço (com refeições e geralmente com pessoas sós), a casa de cômodos (com cómodos de uso comum, prédios adaptados) e cortiços improvisados.

 Surge mais tarde o cortiço verticalizado (três andares), comum no Bexiga.

Parece que a tendência foi progressivamente a subdivisão e adaptação do estoque existente, incapaz por si de atender à demanda de habitações unifamiliares.

Com as transformações urbanas e a criação de novos bairros residenciais, as casas desocupadas daqueles que saíram para regiões mais valorizadas passam a abrigar novos ocupantes.                                  São as casas de cómodos, que se multiplicariam daí por diante.

Mas o cortiço mais característico da época é o cortiço-pátio, que aproveitava melhor os terrenos e permitia a seus «investidores» maiores lucros, apesar de as condições de higiene serem nulas.

Em 1894, o Código Sanitário do Estado era bastante rigoroso e proibia a construção de novos cortiços, preconizando o desaparecimento dos existentes, e ainda dizia que as vilas operárias deveriam ser construídas fora da aglomeração urbana, «em grupos de quatro a seis no máximo». Essas medidas, no seu intento ideológico, demonstravam algum esforço do poder público quanto ao problema, mas os cortiços continuariam.

Outro aspecto é o da mortalidade, cuja causa foi atribuída às deficientes condições de moradia dos trabalhadores. Em 1918, o forte surto epidêmico da chamada «gripe espanhola» explodiu, matando quase 2% da população urbana, quase mais gente que «quatro anos de guerra».

Os bairros mais atingidos sempre eram os de operários, dos assalariados de baixíssima renda, como se percebe pelas notícias da imprensa em várias épocas .   

A ação da polícia sanitária, no que tange às desinfecções das moradias, era violenta e frequente nos «tugúrios» e «ninhos da tuberculose». Procedia através de inquéritos sobre a vida cotidiana desses moradores e, ao mesmo tempo, invadia os domicílios à procura dos doentes (incluindo os perturbados mentais), pretendendo retirá-los para asilos, hospitais de isolamento e, assim,

desinfectar tais focos epidêmicos.     O fiscal sanitário era pessoa temida — o «homem dos desinfetórios» — que passa a ser figura muito conhecida nos cortiços, nas «casinhas» dos bairros populares . Sua entrada nesses locais gerou, incontáveis vezes, protestos e reações dos moradores.

                                                                                         

É também com base nesse princípio de «afastar e desinfetar» a pobreza que surgem as primeiras tentativas de urbanismo saneador, misturando propostas de  embelezamento («revitalização», «combate à deterioração», «renovação urbana  ») com a intenção de higienização e limpeza de determinadas porções do  espaço urbano. Além de apresentar um modelo de habitação «individualizadora  » — no combate à promiscuidade.

Além dos «vírus» da varíola, tifo e até do bacilo da tuberculose, teme-se o «vírus» do anarquismo, ou simplesmente a possibilidade de organização, mesmo em movimentos episódicos, greves, etc, que o ambiente comum, a língua e os costumes pudessem condicionar.

O aluguel de habitações familiares, «higiênicas», correspondia, na melhor das hipóteses, «a mais da metade do salário da classe trabalhadora que vivia em São Paulo»: «Casas desse preço há muitas, e quem mora nelas não são operários: são os pequenos empregados; os operários moram nos cortiços . Dessa maneira, a idéia de intervir no problema habitacional carregava a conotação de «limpar» a cidade, especialmente por causa da promiscuidade com os bairros de residências burguesas. Foi o caso da epidemia da febre amarela no final do século, que «infectou» o bairro de Santa Ifigênia, vizinho dos então aristocráticos Campos Elíseos .

Em 1900 já se falava na construção de casas para operários (vilas operárias) «fora do perímetro central» e proibia-se a construção de casas para operários na zona do comércio. Evidenciando-se um modelo segregador de uso do espaço, separando a habitação operária para longe do local de circulação da classe dominante .